La Ingeniería Agrícola, remonta sus orígenes a la creación de los primeros colegios de agricultura y artes mecánicas, en los Estados Unidos, en 1862, se le atribuye la creación de la Ingeniería Agrícola al profesor Elwood Mead, Ingeniero Norteamericano conocedor y luchador de los derechos de la tierra. Ya en 1 886 la Universidad de Nebraska, ofrecía en su escuela de agricultura los cursos de Ingeniería Agrícola, en coordinación con el profesor O.V. Stout, consistentes en estudios de suelos, drenajes, topografía, medición de caudales, obras para riego y aplicación de agua a los cultivos. Igualmente se dictaban cursos sobre mecanización agrícola, dirigidos por el profesor C.R. Richards, orientados al diseño de máquinas e implementos agrícolas, molinos de viento, bombas estudio de las maderas, ventilación, aplicación de calor, carpintería y principios de potencia.
En diciembre de 1907, con motivo del segundo encuentro de profesionales del área de Ingeniería Agrícola, reunidos en la Universidad de Wisconsin, se creó formalmente la Sociedad Americana de Ingenieros Agrícolas - ASAE- (American Society of Agricultural Engineers) siendo su primer presidente el Ingeniero Jay Brownlee Davidson, quien se desempeña como profesor y director del Departamento de Ingeniería Agrícola de la Universidad del Estado de Iowa.
La Universidad de Iowa en 1910, otorga el primer grado de Ingeniería Agrícola. En 1917 la Universidad de Cornell, confiere el primer diploma de PhD en Ingeniería Agrícola al señor Earl A. White.
En 1950 tuvo el gran auge esta profesión gracias al esfuerzo y promoción que hizo la Sociedad de Ingenieros Agrícolas, con el fin de definir e identificar estos estudios como una rama de la Ingeniería. En dicho año, 40 universidades otorgaban el título de Ingeniero Agrícola, muchas de ellas con estudios de postgrado a nivel de Magister y Doctorado.
La Ingeniería Agrícola se estableció en América Latina paralelamente con la modernización de la agricultura, en los años 50. La primera Escuela de Ingeniería Agrícola la creó la Universidad de Manabí, con sede en la ciudad de Portoviejo - Ecuador, en el año de 1957; el programa estaba orientado a las áreas de riego y maquinaria agrícola. En 1958 se celebró en Chillan, Chile el Congreso Internacional sobre mecanización Agrícola, organizado por la FAO, con presencia de destacados profesionales entre ellos el profesor Roy Bainer, Director del Departamento de Ingeniería Agrícola de la Universidad de California. Dentro de las conclusiones de este evento se destacan las contribuciones que venía haciendo la Ingeniería Agrícola al desarrollo de la agricultura en América Latina. En esa misma reunión los Ingenieros Bainer y Carrera de la Escuela Nacional de Agricultura de Perú y el señor Lars Stenstrom Director de Ingeniería Agrícola de la FAO, planearon la creación del Instituto de Ingeniería Agrícola en Lima. Este Instituto se creó en 1959 como entidad adscrita al Ministerio de Agricultura. El propósito del nuevo Instituto fue el de ofrecer a los alumnos de la facultad de agronomía de los últimos 2 años, cursos de Ingeniería Agrícola. El egresado recibía el título de Ingeniero Agrónomo con especialidad en: Fitotecnia, Economía Agrícola, Zootecnia o Ingeniería Agrícola. En 1960, la Ley Universitaria 13417, en su artículo 87, reconoce a la Escuela Nacional de Agricultura rango universitario y, en tal virtud, cambió su denominación por la actual de Universidad Nacional Agraria La Molina. En 1961, comenzaron a funcionar como organismos académicos, las siguientes facultades: Agronomía, Zootecnia, Ingeniería Agrícola y el Instituto de Investigaciones y Estudios Avanzados.
En 1977, mediante el decreto Ley Nº 21856 del 24 de mayo de 1977, se creó la Universidad Nacional Santiago Antúnez de Mayolo, conformada por cuatro Programas Académicos, entre ellos el Programa Académico de Ingeniería Agrícola, este régimen académico tuvo vigencia hasta 1984, fecha en la que se promulga y entra en vigencia la Ley Universitaria 23733. Durante el periodo 1977 – 1984, la Universidad Nacional Santiago Antúnez de Mayolo, fue administrada y gobernada por la Comisión de Organización, cuyas funciones finalizaron con la promulgación de la Ley 23733.
Con la promulgación de la ley Nº 23733, Ley Universitaria y la posterior aprobación del Estatuto de la Universidad Santiago Antúnez de Mayolo, a partir del mes de agosto de 1984, el Programa Académico de Ingeniería Agrícola, toma el nombre de Facultad de Ciencias Agrarias, conformada por la Escuela Profesional de Ingeniería Agrícola y la Escuela Profesional de Agronomía, denominación que mantiene hasta la fecha.
Con fecha 10 de diciembre del 2015, se promulga la Ley N° 30220, Ley Universitaria, marco legal con el que la universidad funciona actualmente.